獲得高質(zhì)量的RNA是進(jìn)行很多分子實(shí)驗(yàn)（RT-qPCR，二代測序轉(zhuǎn)錄組分析，芯片分析，數(shù)字PCR，northem分析及cDNA文庫構(gòu)建等）的第一步，往往也是最關(guān)鍵的一步，下面針對常見的四種分離方式做一個簡單的對比分析。
第一種：有機(jī)試劑萃取法
有機(jī)試劑萃取法被認(rèn)為是RNA制備中的金標(biāo)準(zhǔn)。在純化過程中，樣品在含有C6H5OH的溶液中進(jìn)行了均質(zhì)化，然后加入CHCl3，充分混合后靜置片刻然后離心。在離心過程中，樣品會分為三層：下部的有機(jī)相，中層含有變性蛋白質(zhì)及gDNA，而上層水相則含有RNA。然后將上層水相分離出來并先后通過異丙醇，乙醇沉淀及再溶解來獲得RNA。
有機(jī)試劑萃取法優(yōu)點(diǎn)：
1、可以快讀變性核酸酶并穩(wěn)定RNA；
2、成本低；
有機(jī)試劑萃取法缺點(diǎn)：
1、有機(jī)試劑氯化物的使用及產(chǎn)生的廢棄物；
2、費(fèi)力的手動處理流程；
3、難以自動化操作。
第二種：離心柱法
基于濾膜的離心柱法使用了底部安置有膜（通常為玻璃纖維，硅衍生物或者離子交換膜）的離心柱。使用含Rnase抑制劑（通常為胍鹽）的緩沖液來裂解樣品，然后利用離心力使裂解物通過膜來讓核酸結(jié)合在膜上，隨后使用清洗緩沖液來清洗膜然后丟棄緩沖液。接下來使用恰當(dāng)?shù)南疵摼彌_液通過離心的方式將樣品洗脫下來并收集到管中。
離心柱法優(yōu)點(diǎn)：
1、方便，容易使用；
2、可進(jìn)行單一樣品和96孔板樣品處理；
3、可以自動化操作；
4、可以制造多種規(guī)格的膜。
離心柱法缺點(diǎn)：
1、易被微粒物阻塞；
2、大分子核酸如gDNA的殘留；
3、制造規(guī)格決定了結(jié)合能力；
4、自動化處理時，需要復(fù)雜的真空抽提系統(tǒng)或離心系統(tǒng)。
第三種：磁珠法
磁珠法所采用的小顆粒（0.5~1 µm)具有一個順磁的核心，其外殼經(jīng)過修飾可以和特定目標(biāo)分子結(jié)合。磁珠在磁場中時會隨著磁場而移動，但在移除磁場后幾乎不保留磁力。這使得這些磁珠基于它們表面的修飾可以與感興趣的分子相互作用，然后通過外源磁場快速地對它們進(jìn)行收集，之后移除磁場并對磁珠進(jìn)行重懸。對樣品首先使用含Rnase抑制劑的溶液進(jìn)行裂解，然后與磁珠結(jié)合。再通過施加磁場將磁珠及其上結(jié)合的分子一起收集起來。通過數(shù)輪的釋放，重懸于清洗溶液中，然后重新捕獲的過程，最終將RNA釋放到洗脫溶液中并移除磁珠。
磁珠法優(yōu)點(diǎn)：
1、沒有濾膜堵塞的風(fēng)險；
2、基于溶液的結(jié)合動力學(xué)可以增強(qiáng)目標(biāo)捕獲的效率；
3、磁性形式使得可以進(jìn)行樣品的快速收集/濃縮；
4、更易在儀器平臺處理；
5、可以自動化操作；
6、可用于表面修飾的化學(xué)基團(tuán)豐富。
磁珠法缺點(diǎn)：
1、洗脫樣品中可能殘留磁珠顆粒
2、磁珠在粘性溶液中移動緩慢
3、手動操作時磁珠的捕獲/釋放操作很費(fèi)力
第四種：直接裂解發(fā)
直接裂解法進(jìn)行樣品制備（非純化）時采用的裂解緩沖液，可以破碎樣品，穩(wěn)定核酸，同時與下游應(yīng)用相兼容。通常，樣品與裂解試劑混合在一起，在特定條件下孵育一段時間，然后直接用于下游分析。如有必要，可以對穩(wěn)定后的裂解五進(jìn)行純化而得到樣品。通過免去與固體表面的結(jié)合及洗脫步驟，直接裂解法可以避免在其他純化方法中可能會發(fā)生的偏差及對回收效率的影響。
直接裂解法優(yōu)點(diǎn)：
1、非?？焖俸唵?；
2、最有可能準(zhǔn)確反應(yīng)樣品中的RNA真實(shí)情況；
3、可以很好地應(yīng)用于非常小量的樣品；
4、可以進(jìn)行簡單的自動化操作。
5、可擴(kuò)展性
直接裂解法的缺點(diǎn)：
1、不能用于傳統(tǒng)的分析方法，例如通過分光光度法測定產(chǎn)量；
2、明顯的稀釋作用（對于濃縮樣品更有效）；
3、為了取得好的效果，往往需要根據(jù)下游應(yīng)用進(jìn)行優(yōu)化；
4、若沒有正確處理裂解物可能殘留RNase活性。
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